Kisah bermula 12 tahun sebelum era lanun, Raja Lanun Gol D. Roger semasa hari pemancungannya sambil tersenyum telah meninggalkan wasiat, dia menyerahkan harta karunnya One Piece kepada sesiapa sahaja yang menemuinya. Setelah kematian Gol D. Roger ramai orang menjadi lanun dan berlepas ke Grand Line untuk mencari One Piece dan era lanun pun bermula.

One Piece berkisar mengenai seorang lanun muda bernama Monkey D. Luffy yang memulakan pengembaraan dan mengumpulkan anak kapal secukupnya untuk berlayar merentangi Grand Line mencari harta karun legenda One Piece.

Kisah bermula semasa Lanun Shanks rambut merah menjadikan kampung halaman Luffy sebagai pangkalannya. Setelah sekian lama, Shanks telah bersedia untuk meninggalkan kampung Luffy untuk belayar ke Grand Line, pada hari itu Luffy telah menyatakan hasratnya kepada Shanks untuk menjadi raja lanun dan mengumpulkan anak kapal yang jauh lebih hebat daripada anak kapal Shanks. Shanks yang teruja dengan kata-kata Luffy telah mengamanahkannya dengan topi jerami kesayangannya dan meminta Luffy menyerahkannya kembali kepada Shanks setelah Luffy menjadi lanun terkuat kelak.

Di sepanjang pengembaraannya, seorang demi seorang anak kapal telah menyertai Luffy, setiap daripada mereka memiliki keistimewaan tersendiri, termasuklah sikap yang tidak masuk akal dan pendirian yang berbeza namun memiliki suatu persamaan, mereka pernah melalui saat yang sukar dan menyayat hati suatu ketika dahulu dan mempunyai impian hidup sendiri serta semangat setiakawan yang tidak berbelah bagi.

Luffy kemudian menerima sebuah kapal bernama Going Merry atau Merry Go sebagai tanda terima kasih daripada penduduk kampung sebuah pulau. Sepanjang pengembaraan mereka Going Merry telah menerima banyak kerosakkan yang hampir mustahil untuk dibaiki kerana ketiadaan tukang baiki kapal sehinggakan akhirnya mereka terpaksa meninggalkan kapal tersebut dan membakarnya melalui upacara pengkebummian ala Viking sebagai tanda menghormati ahli penting. Luffy kemudian menerima sebuah lagi kapal yang baru daripada salah seorang anak kapal sebagai tanda penghargaan, kapal ini dipanggil Thousand Sunny dan memiliki struktur yang lebih besar dan dibina dari kayu Adam mempunyai struktur paling kukuh dalam dunia serta memiliki banyak kelebihan lain.

Abang angkat Luffy, Portgas D. Ace juga anak kandung raja lanun Rojer. Ace telah dibunuh oleh Sakazuki semasa peperangan antara Lanun Janggut Putih (Whitebeard) dan tentera laut di pengkalan utama tentera laut (Marineford). Ace sanggup dibunuh demi menyelamatkan Luffy dari serangan Sakazuki. Kematian Ace membuat Si Janggut Putih naik angin dan sanggup berlawan sehingga tergadai nyawanya.

Selepas peperangan di Marinefold. Luffy dan rakan-rakannya mulakan latihan bertapa selama dua tahun. Luffy mula belajar teknik haki (memperhebatkan pancaindera) daripada bekas pembantu raja lanun iaitu Silvers Rayleigh. Zoro sanggup gadai maruahnya untuk belajar ilmu pedang daripada Dracule Mihawk raja pendekar pedang. Nami belajar ilmu kaji cuaca di Dunia Baru. Usopp berlatih menembak dan kuatkan badannya. Sanji berlatih bersama pakar penumbuk Newkama. Chopper mengaji ubat terkuat. Nico Robin berlatih bersama ayah Luffy iaitu Dragon. Franky mencipta rekabentuk peringsai badannya. Brook ditangkap oleh ahli sarkas.

Setelah dua tahun bertapa, Luffy dan rakan-rakan bertemu semula di Pulau Sabaody dan mula berlayar ke Pulau Manusia-Ikan. Selepas itu, Luffy dan rakan-rakan ke Pulau Punk Hazard. Di Pulau Punk Hazard, Law bercadang menjadi pakatan lanun bersama Pasukan Lanun Topi Jerami. Luffy setuju cadangan oleh Law. Tujuan Law dan Pasukan Lanun Topi Jerami di Pulau Punk Hazard iaitu menyelamatkan kanak-kanak yang telah diculik oleh Ceasar, menangkap Ceacar dan musnakan penghasilan buah syaitan buatan manusia iaitu "SAD". Selepas menangkap Ceasar, Pasukan Lanun Topi Jerami dan Law menunju ke Pulau Dressrosa. Law mengugut DoFlamingo untuk meletak jawatan sebagai Raja Dressrosa dan ahli 7 pahlawan tentera laut diraja (Ouka Shichibukai) untuk mendapat balik Ceasar.